Les principes physiologiques de Descartes, en ce qui concerne le fonctionnement du cerveau et celui de la circulation sanguine dont il est tributaire, doivent être envisagés schématiquement avant toute citation pour être plus clair.
Ces principes reposent sur plusieurs données :

- l’existence de pores
- les "esprits animaux"
- le rôle de la glande

Ils s’expliquent par les seules comparaisons mécaniques possibles de l’époque 
1 - L’existence de pores dans les tissus : en I6O4, les propriétés des lentilles de verre mises en évidence par un hollandais ont conduit aux lunettes astronomiques utilisées par Galilée, et ont ouvert la perspective d’un monde non perceptible par l’œil humain dans l’infiniment grand, et il est subodoré de la même façon dans l’infiniment petit. Avant donc la découverte de la circulation capillaire par Malpighi ultérieurement, l’existence de trous, de pores, de canaux non visibles, est envisagée( depuis d’ailleurs Galien pour d’autres raisons ), de façon à expliquer un certain nombre de théories, vraies ou fausses d’ailleurs, et l’une des particularités de Descartes est précisément d’extrapoler, à propos de résultats fonctionnels, sur leurs causes anatomiques non visibles. Desc vision3.JPG (45585 octets)

Les Sensations Visuelles centralisées sur la glande "H"

2 yeux et pourtant une seule image

2 - Les "esprits animaux" succédant à la notion antérieure de "pneuma" de souffle de vie, ces "esprits animaux" sont le support mécanique, par analogie aux circuits hydrauliques, du fonctionnement du système nerveux, et ce que nous appellerions l’influx nerveux aujourd’hui est une sorte de gaz ou de vapeur comparé à un vent subtil, volatile et en perpétuel mouvement, rappelant d’ailleurs la circulation sanguine, à telle enseigne que Descartes inventera des valvules dans les nerfs comme il en a eu la révélation récente dans les veines
 ( découverte de Fabrice Acquapendente.)
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Pores ouverts(Sujet éveillé)

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Pores fermés ( sujet endormi)

3 - Le rôle de la glande épiphyse, glande H: cette glande assure la filtration, la répartition par orientation de ces "esprits animaux". Elle les dirige vers les pores récepteurs de la face interne des hémisphères cérébraux, grâce à sa grande mobilité, ces pores étant le point de départ des circuits nerveux, et jouant d’ailleurs un rôle dans la mémoire par la persistance de leur déformation due au passage de ces "esprits animaux".

Dans l’ensemble, cet aspect mécanique du fonctionnement du système nerveux est concevable dans le sens centrifuge, c’est-à-dire en fait moteur, mais beaucoup moins convainquant dans l’autre sens, sensitif, et encore plus lorsque les explications intéressent le monde psychologique que Descartes prétend expliquer ( mémoire, sentiments .. )

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